Die Pfarrkirche wurde um 1290 erbaut und ist der Heiligen Margareta geweiht. Im Hochaltarbild ist sie als Beschützerin des Ortes Frankenfels dargestellt. Trotz Erweiterungen und Umbauphasen in der Gotik, im Barock und im 19.Jahrhundert hat sie den Charakter einer Dorfkirche und ist nach wie vor prägend für das Ortsbild der Marktgemeinde. Beim Rundgang im Inneren der Kirche ist der spätbarocke Hochaltar ein Blickfang. Über dem Gemälde der Kirchenpatronin befindet sich eine Darstellung der Heiligen Dreifaltigkeit. Eine Marmorplatte auf der rechten Seite neben dem Hochaltar erinnert an den 1649 verstorbenen Gotthard von Tattenbach. Als Weißenburgbesitzer und Patron der Kirche wurde er hier mit seiner Frau Sara Sophie in einer Gruft beigesetzt. Die sechseckige Kanzel aus der Renaissance ist innerhalb der Diözese St.Pölten eine Rarität. Die Statuen auf dem Hochaltar stellen folgende Heilige dar: hl. Josef, hl. Paulus, hl. Petrus, hl. Johannes der Täufer.

So wie der Hochaltar sind die beiden Seitenaltäre im Barockstil gestaltet. Der linke ist dem hl. Florian, dem Schutzpatron der Feuerwehr, der Bäcker, Rauchfangkehrer und Schmiede und der rechte dem hl. Antonius, dem Schutzpatron der Armen gewidmet. Eine Marienstatue weist heute den linken Altar als Marienaltar und eine Herz-Jesu-Statue den rechten als Herz-Jesu-Altar aus.

Traditionsgemäß findet man in der Kirche viele Darstellungen von Heiligen. Die Glasfenster links bzw. nordseitig zeigen den hl. Leopold, den Landespatron von Niederösterreich, die hl. Anna, die Mutter der Gottesmutter Maria und Patronin der Ehe, der Armen und Witwen sowie den hl. Aloisius, den Schutzpatron der Jugend und Studenten. Südseitig bzw. rechts zeigen die Glasfenster die Gottesmutter Maria, den hl. Josef als Patron der Familien, Zimmerleute und Arbeiter und die hl. Elisabeth, Patronin der Caritas, der Kranken und Notleidenden. Statuen zahlreicher Heiligen, durchwegs beschriftet, schmücken die Seitenwände. Links von hinten: der hl. Judas-Thaddäus, der Patron der verzweifelten und hoffnungslosen Fälle; der hl. Nikolaus, Schutzpatron der Kinder und der Seeleute. Rechts von vorne: der hl. Leonhard, Schutzpatron der Bauern, Schmiede und Gefangenen; der hl. Josef, Ziehvater Jesu und der hl. Antonius, Patron der Armen, der Bäcker und Bergleute. Unter der Empore ist eine Statue der  hl. Theresia von Lisieux dargestellt sowie (nochmals) der hl. Antonius von Padua angebracht.

Auf der Orgelempore steht David mit der Harfe und Engel mit Pauken, Trompeten und Fanfaren. Die Orgel wurde zuletzt 1986 renoviert.

Südseitig der Kirche liegt der Friedhof, von einer Mauer umrandet, bei dessen Haupteingang rechtsseitig das Kriegerdenkmal und linksseitig die Statue der hl. Johannes Nepumuk, dem Patron der Priester, Müller und Flößer, dem Schutzheiligen der Brücken, zu besichtigen ist.